Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW

Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 12 PHẦN MỀM ISIS DRAW Version 2.4 Giới thiệu Là phần mềm viết công thức hóa học khá mạnh, sử dụng miễn phí, với một tập tin duy nhất là: draw24.exe có kích thước 7,24Mb (chương trình đã có kèm theo một số plug-in hỗ trợ như Wiew in RasMol hay Generate Name with AutoNom). Để chuyển các cấu trúc dưới dạng hình học 2 chiều thành công thức lập thể (3 chiều) cần cài đặt plug-in 3ddraw của ACD I. CÀI ĐẶT 1. Nhắp đúp vào biểu tượng để bắt đầu tiến hành cài đặt. Hình 1: Chọn Next để tiếp tục các bước cài đặt 2. Tiếp tục chọn Yes và Next để tiếp tục quá trình cài đặt. Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 13 Hình 2: Chọn Yes để cài đặt phần gọi tên tự động 3. Chọn Finish để kết thúc quá trình cài đặt Itiếp tục quá trình cài đặt. Hình 3: Chọn Finish để hoàn thành việc cài đặt ISIS/Draw 4. Chọn Next và Yes để tiếp tục cài đặt phần gọi tên tự động, sau đó chọn Finish để hoàn thành việc cài đặt phần gọi tên tự động. Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 14 Hình 4: Chọn Finish để hoàn thành việc cài đặt AutoNom Standard II. CÀI ĐẶT MUỐN CHUYỂN CÔNG THỨC TỪ 2D SANG 3D Ở CẢ HAI PHIÊN BẢN ĐỀU PHẢI CÀI ĐẶT THÊM Bước 1: Nhắp đúp vào biểu tượng để cài đặt chương trình Bước 2: Khởi động chương trình ISIS Draw 2.4 (cài từ trước). Bước 3: chọn Add-in Manager từ Menu Options (hình 1) Nhắp chuột chọn Installation (hình 2), sau đó chọn Install an Add-in (hình 3) Hình 1: Chọn Add-in Manager từ Menu Options Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 15 Chọn đường dẫn đến ACDFREE đã được cài trên ổ cứng, nhắp chuột vào Open sau đó nhắp chuột để tiếp tục các xác nhận. Hình 2: chọn Installation từ hộp thoại Hình 3: Chọn Install an Add-in từ hộp thoại Hình 4: Chọn đường dẫn để cài đặt Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 16 1. Nhắp đúp vào biểu tượng để cài lên ổ cứng 2. Khởi động chương trình ISIS/DRAW 2.4 hoặc 2.5. 3. Vào Menu Option\Add-in… và tìm File 3D vừa cài đặt ở bước 4 (Thao tác theo hướng dẫn) II. HƯỚNG DẪN SỬ DỤNG tuy nhiên tải thêm một plug-in plug-in 3ddraw của ACD và cài đặt để chuyển các cấu trúc dưới dạng hình học 2 chiều thành công thức lập thể (3 chiều). Để cài được Plug-in này ta tiến hành theo các bước sau: Bước 1: Cài đặt chương trình 3ddraw (có biểu tượng như hình vẽ). Bước 2: Khởi động chương trình ISIS Draw (đã cài từ trước), chọn Add-in Manager từ Menu Options (hình 1) Nhắp chuột chọn Installation (hình 2), sau đó chọn Install an Add-in (hình 3) Hình 1: Chọn Add-in Manager từ Menu Options Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 17 Chọn đường dẫn đến ACDFREE đã được cài trên ổ cứng, nhắp chuột vào Open sau đó nhắp chuột để tiếp tục các xác nhận. 2. Khởi động chương trình: Cách 1: Nắp đúp vào biểu tượng trên màn hình Hình 2: chọn Installation từ hộp thoại Hình 3: Chọn Install an Add-in từ hộp thoại Hình 4: Chọn đường dẫn để cài đặt Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 18 Cách 2: Start>Programs> ISIS Draw 2.4 Standlone> ISIS Draw 2.4 3. Màn hình làm việc của chương trình: 4. Nội dung thanh công cụ: Hình 5: Màn hình làm việc của chương trình Hình 6: Biểu tượng các công cụ trên thanh ngang Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 19 5. Một số ví dụ: a) Biễu diễn phân tử toluen: - Vẽ vòng benzen (dùng công cụ vẽ vòng benzen) - Vẽ liên kết đơn (dùng công cụ Single Bond). - Ghi kí hiệu nhóm nguyên tử - CH3 (dùng công cụ Atom). CH3 - Có thể đọc tên tự động (sau khi dùng công cụ chọn toàn bộ phân tử, rồi nhấp vào phần đọc tên tự động. Hình 7: Biểu tượng các công cụ trên thanh dọc Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 20 Có thể chuyển công thức vừa vẽ thành công thức không gian 3 chiều với Plug-in 3ddraw của ACD đã cài đặt (như hướng dẫn ở trên) hoặc sử dụng Plug-in Rasmol đã tích hợp khi cài phiên bản ISIS Draw 2.4. - Sử dụng 3ddraw: Dùng công cụ lựa chọn để chọn phân tử, sau đó chọn ACD 3D Viewer từ Menu Object. Hình 8: Công thức sau khi đã hoàn thành Hình 9: Chọn ACD 3D Viewer từ Menu Object Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 21 Nhấp chuột trái vào biểu tượng (3D-Optimize) để tối ưu hóa cách sắp xếp trong không gian của phân tử. Sau đó chọn các kiểu biểu diễn phân tử như: sticks (hình que), spacefill (mô hình đặc)… Ví dụ nếu ta chọn mô hình đặc sẽ thu được hình sau a. Ví dụ 2: Vẽ phân tử phenolphtalein Hình 10: Hiển thị ban đầu trong ACD 3D Hình 11: Chọn các kiểu hiển thị phân tử… từ thanh công cụ Hình 12: Phân tử toluen dạng hình cầu đặc Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 22 Bước 1: Vẽ vòng benzen, dùng công cụ vẽ vòng benzen. Bước 2: Vẽ vòng 5 cạnh: Dùng công cụ vẽ vòng 5 cạnh (nhấp vào bên phải của vòng benzen) Bước 3: Thêm 2 nhóm thế: Dùng công cụ vẽ nối đơn, liên tục. Bứôc 4: Vẽ thêm hai vòng benzen: Dùng công cụ vẽ vòng benzen Bứôc 5:Thêm các nhóm thế, Dùng công cụ vẽ nối đơn và nối đôi Bước 6: Thêm các kí hiệu nguyên tố, nhóm chức và tên: Dùng công cụ vẽ nguyên tử Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 23 O OH OH O Phân tử phenolphtalein b. Ví dụ 3: Vẽ sơ đồ biến đổi cấu tạo dẫn đến biến đổi màu sắc của phenolphtalein trong các môi trường axit, trung tính, kiềm loãng và kiềm đặc. Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 24 OH C O C O OH OH C O C OH OOH H OH C O C OH H OO C C OO O OH H H O OH O C H OO C O O OH Phenolphtalein(I) (II) Lacton Khong mau Khong mau - Mau hong (III) - Mau do tim (IV) - + + Quinon phenolat - _ - - - - dac Khong mau Như vậy trong kiềm đặc phenolphtalein khôn (trong file nén gồm có 2 file hướng dẫn sử dụng và hướng dẫn cài đặt do đó hiển trị trên màm hình 1 trong 2 file này)