Là phần mềm viết công thức hóa học khá mạnh, sử dụng miễn phí, với một tập
tin duy nhất là: draw24.exe có kích thước 7,24Mb (chương trình đã có kèm theo
một số plug-in hỗ trợ như Wiew in RasMol hay Generate Name with AutoNom).
Để chuyển các cấu trúc dưới dạng hình học 2 chiều thành công thức lập thể (3
chiều) cần cài đặt plug-in 3ddraw của ACD
13 trang |
Chia sẻ: lylyngoc | Lượt xem: 2404 | Lượt tải: 2
Bạn đang xem nội dung tài liệu Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 12
PHẦN MỀM ISIS DRAW
Version 2.4
Giới thiệu
Là phần mềm viết công thức hóa học khá mạnh, sử dụng miễn phí, với một tập
tin duy nhất là: draw24.exe có kích thước 7,24Mb (chương trình đã có kèm theo
một số plug-in hỗ trợ như Wiew in RasMol hay Generate Name with AutoNom).
Để chuyển các cấu trúc dưới dạng hình học 2 chiều thành công thức lập thể (3
chiều) cần cài đặt plug-in 3ddraw của ACD
I. CÀI ĐẶT
1. Nhắp đúp vào biểu tượng để bắt đầu tiến hành cài đặt.
Hình 1: Chọn Next để tiếp tục các bước cài đặt
2. Tiếp tục chọn Yes và Next để tiếp tục quá trình cài đặt.
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 13
Hình 2: Chọn Yes để cài đặt phần gọi tên tự động
3. Chọn Finish để kết thúc quá trình cài đặt Itiếp tục quá trình cài đặt.
Hình 3: Chọn Finish để hoàn thành việc cài đặt ISIS/Draw
4. Chọn Next và Yes để tiếp tục cài đặt phần gọi tên tự động, sau đó chọn Finish
để hoàn thành việc cài đặt phần gọi tên tự động.
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 14
Hình 4: Chọn Finish để hoàn thành việc cài đặt AutoNom Standard
II. CÀI ĐẶT MUỐN CHUYỂN CÔNG THỨC TỪ 2D SANG 3D Ở CẢ
HAI PHIÊN BẢN ĐỀU PHẢI CÀI ĐẶT THÊM
Bước 1: Nhắp đúp vào biểu tượng để cài đặt
chương trình
Bước 2: Khởi động chương trình ISIS Draw 2.4 (cài từ trước).
Bước 3: chọn Add-in Manager từ Menu Options (hình 1)
Nhắp chuột chọn Installation (hình 2), sau đó chọn Install an Add-in (hình 3)
Hình 1: Chọn Add-in Manager từ Menu Options
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 15
Chọn đường dẫn đến ACDFREE đã được cài trên ổ cứng, nhắp chuột vào
Open sau đó nhắp chuột để tiếp tục các xác nhận.
Hình 2: chọn Installation từ hộp thoại
Hình 3: Chọn Install an Add-in từ hộp thoại
Hình 4: Chọn đường dẫn để cài đặt
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 16
1. Nhắp đúp vào biểu tượng để cài lên ổ cứng
2. Khởi động chương trình ISIS/DRAW 2.4 hoặc 2.5.
3. Vào Menu Option\Add-in… và tìm File 3D vừa cài đặt ở bước 4 (Thao tác
theo hướng dẫn)
II. HƯỚNG DẪN SỬ DỤNG
tuy nhiên tải thêm một plug-in plug-in 3ddraw của ACD và cài đặt để chuyển
các cấu trúc dưới dạng hình học 2 chiều thành công thức lập thể (3 chiều).
Để cài được Plug-in này ta tiến hành theo các bước sau:
Bước 1: Cài đặt chương trình 3ddraw (có biểu tượng như hình vẽ).
Bước 2: Khởi động chương trình ISIS Draw (đã cài từ trước), chọn Add-in
Manager từ Menu Options (hình 1)
Nhắp chuột chọn Installation (hình 2), sau đó chọn Install an Add-in (hình 3)
Hình 1: Chọn Add-in Manager từ Menu Options
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 17
Chọn đường dẫn đến ACDFREE đã được cài trên ổ cứng, nhắp chuột vào
Open sau đó nhắp chuột để tiếp tục các xác nhận.
2. Khởi động chương trình:
Cách 1: Nắp đúp vào biểu tượng trên màn hình
Hình 2: chọn Installation từ hộp thoại
Hình 3: Chọn Install an Add-in từ hộp thoại
Hình 4: Chọn đường dẫn để cài đặt
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 18
Cách 2: Start>Programs> ISIS Draw 2.4 Standlone> ISIS Draw 2.4
3. Màn hình làm việc của chương trình:
4. Nội dung thanh công cụ:
Hình 5: Màn hình làm việc của chương trình
Hình 6: Biểu tượng các công cụ trên thanh ngang
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 19
5. Một số ví dụ:
a) Biễu diễn phân tử toluen:
- Vẽ vòng benzen (dùng công cụ vẽ vòng benzen)
- Vẽ liên kết đơn (dùng công cụ Single Bond).
- Ghi kí hiệu nhóm nguyên tử - CH3 (dùng công cụ Atom).
CH3
- Có thể đọc tên tự động (sau khi dùng công cụ chọn toàn bộ phân tử, rồi nhấp vào
phần đọc tên tự động.
Hình 7: Biểu tượng các công cụ trên thanh dọc
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 20
Có thể chuyển công thức vừa vẽ thành công thức không gian 3 chiều với
Plug-in 3ddraw của ACD đã cài đặt (như hướng dẫn ở trên) hoặc sử dụng Plug-in
Rasmol đã tích hợp khi cài phiên bản ISIS Draw 2.4.
- Sử dụng 3ddraw: Dùng công cụ lựa chọn để chọn phân tử, sau đó chọn
ACD 3D Viewer từ Menu Object.
Hình 8: Công thức sau khi đã hoàn thành
Hình 9: Chọn ACD 3D Viewer từ Menu Object
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 21
Nhấp chuột trái vào biểu tượng (3D-Optimize) để tối ưu hóa cách sắp
xếp trong không gian của phân tử.
Sau đó chọn các kiểu biểu diễn phân tử như: sticks (hình que),
spacefill (mô hình đặc)…
Ví dụ nếu ta chọn mô hình đặc sẽ thu được hình sau
a. Ví dụ 2: Vẽ phân tử phenolphtalein
Hình 10: Hiển thị ban đầu trong ACD 3D
Hình 11: Chọn các kiểu hiển thị phân tử… từ thanh công cụ
Hình 12: Phân tử toluen dạng hình cầu đặc
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 22
Bước 1: Vẽ vòng benzen, dùng công cụ vẽ vòng benzen.
Bước 2: Vẽ vòng 5 cạnh: Dùng công cụ vẽ vòng 5 cạnh (nhấp vào bên phải
của vòng benzen)
Bước 3: Thêm 2 nhóm thế: Dùng công cụ vẽ nối đơn, liên tục.
Bứôc 4: Vẽ thêm hai vòng benzen: Dùng công cụ vẽ vòng benzen
Bứôc 5:Thêm các nhóm thế, Dùng công cụ vẽ nối đơn và nối đôi
Bước 6: Thêm các kí hiệu nguyên tố, nhóm chức và tên: Dùng công cụ vẽ
nguyên tử
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 23
O
OH
OH
O
Phân tử phenolphtalein
b. Ví dụ 3: Vẽ sơ đồ biến đổi cấu tạo dẫn đến biến đổi màu sắc của phenolphtalein
trong các môi trường axit, trung tính, kiềm loãng và kiềm đặc.
Hướng dẫn sử dụn phần mềm ISIS/DRAW ThS. Đào Anh Vũ
Ban khoa giáo Trường trung cấp Phương Nam 24
OH
C O
C O
OH OH
C O
C
OH
OOH
H
OH
C O
C
OH
H
OO
C
C OO
O
OH
H
H
O
OH
O
C
H
OO
C
O O
OH
Phenolphtalein(I) (II)
Lacton Khong mau Khong mau
-
Mau hong (III)
-
Mau do tim (IV)
-
+
+
Quinon phenolat
-
_
-
- -
-
dac
Khong mau
Như vậy trong kiềm đặc phenolphtalein khôn
(trong file nén gồm có 2 file hướng dẫn sử dụng và hướng dẫn cài đặt
do đó hiển trị trên màm hình 1 trong 2 file này)