Tin sinh học Bioinformatics

TIN SINH HỌCBIOINFORMATICS Giới thiệu môn học Giới thiệu môn học * GIỚI THIỆU CHUNG  1. KHAI THÁC DỮ LiỆU TRÊN MẠNG INTERNET - Nguyên tắc cơ bản về tìm kiếm thông tin trên Internet - Giới thiệu về CSDL sinh học lớn trên mạng Internet - Khai khác các phần mềm trực tuyến: Blast (tìm kiếm trình tự tương đồng), ORFfinder (tìm khung đọc mở) của NCBI 2.LÀM QUEN MỘT SỐ CÔNG CỤ PHẦN MỀM PHÂN TÍCH DNA, RNA, PROTEIN - Clustalx; TreeView - DNA club; NTSYSPC - Plasdraw; Chromas Mục tiêu môn học Tự tìm tài liệu, các bài báo và công trình nghiên cứu về công nghệ sinh học nói chung từng chuyên ngành như CNSH nông nghiệp, CNSH y dược, CNSH môi trường nói riêng. Phân tích trình tự sinh học (DNA,RNA, protein, các cấu trúc sinh học) bằng các công cụ trực tuyến cũng như các phần mềm sinh học. Giới thiệu môn học * Bioinformatics là gì? Giới thiệu môn học * Bioinformatics là gì? Là một lĩnh vực khá đặc biệt trong công nghệ sinh học và sinh học hiện đại, Tin-Sinh học cũng cần có những công cụ riêng phục vụ cho nhu cầu và sự phát triển của nó. Những công cụ cơ bản có thể bao gồm: - Máy tính - Các thuật toán: Thống kê các số liệu thô, sự xắp xếp của mã trình tự - Các công cụ, phần mềm (software) - Internet Giới thiệu môn học * Giới thiệu môn học * Internet Cơ sở dữ liệu sinh học NCBI 120 quốc gia Anh đã giải mã 30% bản đồ gene Mỹ, Pháp, Đức, Nhật Bản Trung Quốc Các vi sinh vật khác: vi khuẩn, Virus… Xây dựng, bổ sung, tổ chức quản lý khai khác cơ sở dữ liệu (database - cơ sở dữ liệu) đa dạng, toàn diện trên quy mô toàn cầu về công nghệ sinh học. Chuyển trình tự Gene Các ứng dụng của Tin sinh học Giới thiệu môn học * BẮT ĐẦU THÍ NGHIỆM PHẦN MỀM XÁC ĐỊNH LẠI TỐI ƯU HÓA THÔNG SỐ MÁY TÍNH TIẾN HÀNH THÍ NGHIỆM TỪ CÁC THÔNG SỐ NÀY Các ví dụ về mô hình máy tính Ví dụ 1: Làm thế nào để chuyển gene vào vi sinh vật Từ cơ sở dữ liệu-> thí nghiệm (DNA club) Ví dụ 2: Xét nghiệm huyết thống (NTSYSPC) Số liệu DNA được phân tích khi thực hiện thí nghiệm  Giới thiệu môn học * Các ứng dụng của Tin sinh học Nghiên cứu về chuỗi trình tự Nghiên cứu về bộ gene Nghiên cứu bằng sự tiến hoá của sinh học bằng máy tính Nghiên cứu đa dạng di truyền Nghiên cứu các đột biến của tế bào ung thư So sánh bộ gene Giới thiệu môn học * PHÂN TÍCH CƠ SỞ DỮ LIỆU Giới thiệu môn học * Phần mềm sinh học 1. Sản phẩm nghiên cứu từ nông nghiệp 2. Sản phẩm nghiên cứu từ thực phẩm 3. Sản phẩm từ môi trường vv… Các kỹ thuật sinh học Khi làm thí nghiệm BÀI 1: TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU TRÊN INTERNET Giới thiệu môn học * Tìm kiếm thông tin trên Internet qua các công cụ tìm kiếm www.google.com www.altavista.com www.infoseek.com www.excite.com www.nlsearch.com Tìm kiếm thông tin qua cơ sỡ dữ liệu sinh học - NCBI-Cơ sở dữ liệu của Mỹ - EMBL-Cơ sở dữ liệu Châu âu CÁC GIAO DIỆN CỦA CÁC CÔNG CỤ TÌM KIẾM Giới thiệu môn học * TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET Giới thiệu môn học * Nguyên tắc TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET Giới thiệu môn học * 1. XÁC ĐỊNH THÔNG TIN CẦN TÌM Để có nhiều thông tin hơn, ta phải dịch nội dung chính của vấn đề sang tiếng Anh vì dữ liệu trên internet là tiếng Anh ví dụ: Đu đủ chuyển gen kháng virus Transformation papaya viral resistance 2. XÁC ĐỊNH TỪ KHÓA Để tìm kiếm thông tin chúng ta phải xác định một từ hay một nhóm từ khóa mang nội dung chủ yếu hay quan trọng nhất của vấn đề quan tâm Từ khóa: Trasformation papaya, viral resistance TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET 3. CHỌN CÔNG CỤ TÌM KIẾM - Google Patent Search-Tìm kiếm bằng sáng chế - Google Scholar-Công cụ tìm kiếm dành cho học giả - Google Books- công cụ tìm kiếm sách 4. LỌC THÔNG TIN - Đọc lướt nhanh rồi đối chiếu với nội dung ta cần tìm. Nếu đúng là thông tin ta cần tìm thì lưu lại trang web. - Từ khóa càng chuyện biệt thì kết quả tìm kiếm càng gần với thông tin ta quan tâm. Giới thiệu môn học * VÍ DỤ THỰC HÀNH TÌM KIẾM BẰNG GOOGLE Giới thiệu môn học * Giới thiệu môn học * TÌM KIẾM THÔNG TIN NÂNG CAO TRÊN GOOGLE Giới thiệu môn học * -Acrobat -Power point.. Ví DỤ THỰC HÀNH CÁC BƯỚC TÌM KIẾM Giới thiệu môn học * BÀI TẬP 1. Hãy tìm những tài liệu về sự chuyển gene kháng virus ở cây đu đủ bằng tạp chí chuyên ngành và google Từ khóa: viral resistance, transformation, papaya) 2. Hãy tìm những công bố nghiên cứu về xác định giới tính ở bò bằng kỹ thuật multiplex PCR Từ khóa: Determination,sex, cattle, multiplex PCR 3. Hãy tìm những bài báo liên quan đến vấn đề chẩn đoán bệnh viêm gan siêu vi C (HCV), viêm gan siêu vi B (HBV) Giới thiệu môn học * CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU VỀ SINH HỌC, CÔNG NGHỆ SINH HỌC Về động vật học: Chẩn đoán phân tử : Virus học: Sinh lý thực vật : Tế bào thực vật :  Giới thiệu môn học * CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU VỀ SINH HỌC, CÔNG NGHỆ SINH HỌC Sinh học phân tử và tiến hóa : Tế bào mầm: Thú y : Nghiên cứu về RNA : Nghiên cứu về acid nucleic: Giới thiệu môn học * TÌM KIẾM CÁC BÀI BÁO QUA TẠP CHÍ CHUYÊN NGÀNH Giới thiệu môn học * TÌM KiẾM BÀI BÁO QUA CÁC TÀI LIỆU THAM KHẢO CỦA CÁC TẠP CHÍ CHUYÊN NGÀNH Giới thiệu môn học * Giới thiệu môn học * Giới thiệu môn học * NCBI (National Center for Biotechnology Information) Medscape BioMedNet Giới thiệu môn học * CƠ SỞ DỮ LIỆU NCBI Giới thiệu môn học * TÌM KIẾM CÁC BÀI BÁO QUA PUBMED Giới thiệu môn học * - Cơ sở dữ liệu về các bài báo y học, sinh học - Tóm tắt - Cơ sở dữ liệu về các bài báo y học, sinh học - Tóm tắt Giới thiệu môn học * Đánh từ khóa Giới thiệu môn học * Chọn lọc thông tin Thẻ Giới hạn phạm vi tìm kiếm  [AB]: Tóm tắt - abstract [AU]: Tên tác giả - author name [DP]: Ngày xuất bản – publication date [CY]: Nơi phát xuất bản tạp chí – country [IP]: :Số phát hành của tạp chí [IS]: International Standard Serial Number of Journal (ISSN) [LA]: Ngôn ngữ của bài báo – language [PG]: Số trang – page number [TI]: Tựa đề - title word [VI]: Tập (số) – volume Giới thiệu môn học * Để tìm chính xác các từ khóa, chúng ta có thể sử dụng toán tử Boolean (AND, OR, NOT) và dùng thẻ (tag) trong ngoặc vuông ([]) đặt sau từ khóa để giới hạn phạm vi tìm kiếm từ khóa đó. Ví dụ: “ DNA microarray” [ti] AND Curtis [au] 2002[dp] nghĩa là: tìm bài báo có chữ DNA microarray ( trong tựa đề bài báo) của tác giả Curtis năm 2002. Lưu ý: để tìm một cụm từ (phrase) thì chúng ta phải được đặt trong dấu ngoặc kép (“”). Entrez tự động hiểu có toán tử AND giữa các từ cách nhau bằng khoảng trắng (không nằm trong dấu ngoặc kép).   Giới thiệu môn học * Các toán tử trong tìm kiếm Toán tử Boolean (AND, OR, NOT) và dùng thẻ (tag) trong ngoặc. Tìm kiếm các cụm từ để các cụm từ trong dấu ngoặc kép “cụm từ” Khoảng cách giữa hai từ hiểu là And ( ví dụ : H5N1...H1N1) Giới thiệu môn học * And KHI THỰC HIỆN TÌM KIẾM TRONG PUBMED Giới thiệu môn học * CÁC TOÁN TỬ PHẢI ĐÚNG THEO QUI ĐỊNH TÌM KiẾM CÁC BÀI BÁO QUA CÁC TÀI LIỆU THAM KHẢO Giới thiệu môn học * Tạo liên kết với các bài báo khác CÁC TOÁN TỬ PHẢI ĐÚNG THEO QUI ĐỊNH Giới thiệu môn học * Giới thiệu môn học * TOÀN BÀI BÁO TÌM KiẾM THÔNG TIN TRONG GOOGLE VÀ NCBI CÓ GÌ KHÁC GOOGLE là tìm kiếm những thông tin nhập vào sau đó trả lại những liên kết đến các trang web liên quan Pubmed trong NCBI: tìm kiếm những bài báo về Y- sinh học và các lĩnh vực sinh học khác Giới thiệu môn học * TÓM TẮT NỘI DUNG ĐÃ HỌC TÌM KIẾM BÀI BÁO QUA GOOGLE TÌM KIẾM BÀI BÁO QUA TẠP CHÍ CHUYÊN NGÀNH TÌM KiẾM TÓM TẮT CỦA BÀI BÁO QUA PUBMED TÌM KiẾM TOÀN BÀI BÁO QUA PUBMED CENTRAL Giới thiệu môn học * BÀI TẬP Thực hành Sinh viên thực hành tìm bài báo có tựa đề bằng công cụ pubmed: “Cloning and characterization of two promoters for the human HsaI 2 gene and their transcriptional repression by the Wilms tumor suppressor gene product” Tác giả: Ma Y, Li D, Chai L, Luciani AM, Ford D, Morgan J, Maizel AL Giới thiệu môn học * BÀI TẬP Trong trang PubMed, thử tìm và phân biệt hai trường hợp khi tìm bài báo với yêu cầu là LT AND gene và “LT gene” ( trong ngoặc kép). Câu hỏi: Số bài tìm được của mỗi cách là bao nhiêu? Có gì khác nhau giữa hai cách tìm này? Trả lời: Giới thiệu môn học *