Các yếu tố di truyền vận động (Transposable genetic elements) ở prokaryote

Các yếu tố di truyền vận động (Transposable genetic elements) ở prokaryote Trình tự xen đoạn là một đoạn DNA của vi khuẩn di chuyển từ một vị trí trên nhiễm sắc thể đến vị trí mới trên cùng nhiễm sắc thể hoặc trên nhiễm sắc thể khác. Khi xen vào giữa gene, yếu tố IS làm gián đoạn trình tự mã hóa và làm bất hoạt sự biểu hiện của gene. Một số trường hợp, có tín hiệu kết thúc phiên mã và dịch mã, yếu tố IS làm cản trở sự biểu hiện ở sau promotor trong cùng operon.. Yếu tố IS được tìm thấy đầu tiên ở operon galcủa E. coli, chia làm bốn nhóm: IS1, IS2, IS3 và IS4. Chúng có thể phân bố rãi rác trên nhiễm sắc thể chính của vi khuẩn và trên các plasmid. Ví dụ yếu tố IS1 có khoảng 5-8 bản sao trên nhiễm sắc thể với chiều dài 768 bp. Tất cả các yếu tố IS đều chứa đoạn DNA mã hóa cho protein, được gọi là transposase, là enzyme cần thiết cho sự di chuyển của yếu tố IS từ một vị trí trên nhiễm sắc thể đến vị trí khác. Đoạn gene này nằm giữa 2 đoạn lặp lại đảo ngược (inverted repeat - IR) ngắn. Ví dụ yếu tố IS1 có khoảng 5-8 bản sao trên nhiễm sắc thể với chiều dài 768 bp, đoạn lặp lại đảo ngược có kích thước 18-23 bp, yếu tố IS2 có 5 bản sao và các yếu tố IS khác. Yếu tố IS là những vùng của các trình tự xác định, chúng là những vị trí xảy ra trao đổi chéo. Ví dụ: Sự tái tổ hợp của plasmid và nhiễm sắc thể của E. colitạo ra những chủng Hfr xảy ra qua trao đổi chéo đơn giữa yếu tố IS trên plasmid và yếu tố IS trên nhiễm sắc thể. Một vài trình tự xen vào và kích thước của chúng Trình tự xen vào Số bản sao trong E. coli IS1 5-8 bản sao trên nhiễm sắc thể IS2 5 bản sao trên nhiễm sắc thể, 1 bản sao trên plasmid IS3 5 bản sao trên nhiễm sắc thể, 2 bản sao trên plasmid IS4 1-2 bản sao trên nhiễm sắc thể, IS5 Chưa biết 1.1. Gene nhảy của prokaryote Các yếu tố IS riêng lẻ không chỉ có khả năng tự di chuyển mà khi hai yếu tố này nằm đủ gần nhau thì chúng có thể vận động như một đơn vị hoàn chỉnh và mang theo các gene nằm giữa chúng. Cấu trúc phức tạp này được gọi là transposon. Có hai kiểu transposon ở vi khuẩn: Đặc trưng về cấu trúc của transposon hỗn hợp (composite transposon) và transsposon đơn giản (simple transposon) Transposon hỗn hợp (composite transposon) chứa nhiều gene nằm giữa 2 trình tự IS gần nhau, có hướng ngược nhau tạo ra tình tự lặp lại đảo ngược (inverted repeat - IR). Một trong 2 yếu tố IS mã hóa cho transposase xúc tác cho sự chuyển vị của cả transposon. Chẳng hạn Tn10 là transposon hỗn hợp mang gene mã hóa cho tính kháng kháng sinh tetracyline. Gene này nằm giữa hai yếu tố IS10 có hướng ngược nhau. Transposon đơn giản (simple transposon) ở giữa các trình tự IR, nhưng những trình tự này ngắn (<50 bp) và không mã hóa cho transposase. Sự chuyển vị của chúng không phải là kết quả của sự liên kết với yếu tố IS. Các transposon đơn giản mã hóa transposase riêng thêm vào để mang các gene của vi khuẩn. Tn3 là một transposon đơn giản . Transposon hỗn hợp và transposon đơn giản đều chứa các gene thêm vào liên quan đến chức năng mới ở tế bào vi khuẩn. Cả hai loại này thường được gọi chung là transposon. Transposon dài hơn yếu tố IS, thường chứa vài kb), chúng chứa các gene mã hóa cho protein thêm vào. 1.2. Cơ chế của sự chuyển vị Đầu tiên, transposase cắt vết hình chữ chi qua 5 cặp base (khác với sự cắt của enzyme restriction endonuclease) ở vi trí DNA mục tiêu (target site DNA) . Tiếp theo là sự hội nhập của transposon qua trung gian của transposase, transposon xen vào giữa các đầu mút của chữ chi. Đầu lồi ra của sợi đơn được sử dụng như là khuôn để tổng hợp sợi bổ sung thứ hai. Sự gắn vào tạo sự sao chép 5 cặp base, được gọi là sự sao chép điểm mục tiêu (target site duplication). Hầu hết các yếu tố di động của prokaryote đều sử dụng một trong 2 cơ chế chuyển vị: là sao chép (replicative) và bảo thủ (conservative) hay không sao chép. Trong con đường sao chép (như ở Tn3), một bản sao mới của yếu tố di động tạo ra khi chuyển vị, kết quả là một bản sao ở vị trí mới và bản sao còn lại ở vị trí cũ. Trong con đường bảo thủ (như ở trường hợp Tn10) không có sự sao chép. Thay vào đó, yếu tố được cắt ra từ nhiễm sắc thể hoặc plasmid và được gắn vào vị trí mới. Con đường này còn được gọi là con đường "cắt và dán" (cut and paste) Sự nhân đôi đoạn trình tự DNA ngắn ở điếm xen vào (insertion site)